Coronavirus: Tests ‘could be picking up dead virus’

The main test used to diagnose coronavirus is so sensitive it could be picking up fragments of dead virus from old infections, scientists say.

Most people are infectious only for about a week, but could test positive weeks afterwards.

Researchers say this could be leading to an over-estimate of the current scale of the pandemic.

But some experts say it is uncertain how a reliable test can be produced that doesn’t risk missing cases.

Prof Carl Heneghan, one of the study’s authors, said instead of giving a « yes/no » result based on whether any virus is detected, tests should have a cut-off point so that very small amounts of virus do not trigger a positive result.

He believes the detection of traces of old virus could partly explain why the number of cases is rising while hospital admissions remain stable.

The University of Oxford’s Centre for Evidence-Based Medicine reviewed the evidence from 25 studies where virus specimens from positive tests were put in a petri dish to see whether they would grow.

This method of « viral culturing » can indicate whether the positive test has picked up active virus which can reproduce and spread, or just dead virus fragments which won’t grow in the lab, or in a person.

This is a problem we have known about since the start – and once again illustrates why data on Covid is far from perfect.

But what difference does it make? When the virus first emerged probably very little, but the longer the pandemic goes on the bigger the effect.

The flurry of information about testing and the R number creates confusion.

But however we cut it, the fact remains there are very low levels of infection in the UK overall, lower than a number of other European countries.

Where there are local outbreaks the system – by and large – seems to be having success in curbing them.

And this comes after the opening up of society over the summer.

Of course, the big question is what happens next, with schools back and winter around the corner.

There is a growing sense within the public health community that the UK is in a strong position – and certainly a return to the high levels of infection seen in the spring should be avoided.

But there is also extreme caution and an understandable desire for complacency not to creep in.

How is Covid diagnosed?

The PCR swab test – the standard diagnostic method – uses chemicals to amplify the virus’s genetic material so that it can be studied.

Your test sample has to go through a number of « cycles » in the lab before enough virus is recovered.

Just how many can indicate how much of the virus is there – whether it’s tiny fragments or lots of whole virus.

This in turn appears to be linked to how likely the virus is to be infectious – tests that have to go through more cycles are less likely to reproduce when cultured in the lab.

False positive risk

But when you take a coronavirus test, you get a « yes » or « no » answer. There is no indication of how much virus was in the sample, or how likely it is to be an active infection.

A person shedding a large amount of active virus, and a person with leftover fragments from an infection that’s already been cleared, would receive the same – positive – test result.

But Prof Heneghan, the academic who spotted a quirk in how deaths were being recorded, which led Public Health England to reform its system, says evidence suggests coronavirus « infectivity appears to decline after about a week ».

He added that while it would not be possible to check every test to see whether there was active virus, the likelihood of false positive results could be reduced if scientists could work out where the cut-off point should be.

This could prevent people being given a positive result based on an old infection.

And Prof Heneghan said that would stop people quarantining or being contact-traced unnecessarily, and give a better understanding of the current scale of the pandemic.

Public Health England agreed viral cultures were a useful way of assessing the results of coronavirus tests and said it had recently undertaken analysis along these lines.

It said it was working with labs to reduce the risk of false positives, including looking at where the « cycle threshold », or cut-off point, should be set.

But it said there were many different test kits in use, with different thresholds and ways of being read, which made providing a range of cut-off points difficult.

But Prof Ben Neuman, at the University of Reading, said culturing virus from a patient sample was « not trivial ».

« This review runs the risk of falsely correlating the difficulty of culturing Sars-CoV-2 from a patient sample, with likelihood that it will spread, » he said.

Prof Francesco Venturelli, an epidemiologist in the Italian region of Emilia-Romagna, which was hit hard by the virus in March, said there was « not enough certainty » about how long virus remains infectious during the recovering period.

Some studies based on viral cultures reported about 10% of patients still had viable virus after eight days, he said.

In Italy, which had its peak earlier than the UK, « for several weeks we were over-estimating cases » because of people who acquired the infection several weeks before they were identified as positive.

But, as you move away from the peak, this phenomenon diminishes.

Prof Peter Openshaw at Imperial College London said PCR was a highly sensitive « method of detecting residual viral genetic material ».

« This is not evidence of infectivity, » he said. But the clinical consensus was that patients were « very unlikely to be infectious beyond day 10 of disease ».

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Source : Coronavirus: Tests ‘could be picking up dead virus’ – BBC News


Traduction automatique Google :

Le principal test utilisé pour diagnostiquer le coronavirus est si sensible qu’il pourrait ramasser des fragments de virus morts provenant d’anciennes infections, selon les scientifiques.

La plupart des gens ne sont contagieux que pendant environ une semaine, mais pourraient être testés positifs des semaines après.

Les chercheurs disent que cela pourrait conduire à une surestimation de l’ampleur actuelle de la pandémie.

Mais certains experts disent qu’il n’est pas certain de savoir comment produire un test fiable qui ne risque pas de manquer des cas.

Le professeur Carl Heneghan, l’un des auteurs de l’étude, a déclaré qu’au lieu de donner un résultat «oui / non» basé sur la détection d’un virus, les tests devraient avoir un point de coupure afin que de très petites quantités de virus ne déclenchent pas un résultat positif .

Il estime que la détection de traces d’anciens virus pourrait en partie expliquer pourquoi le nombre de cas augmente alors que les admissions à l’hôpital restent stables.

Le Center for Evidence-Based Medicine de l’Université d’Oxford a examiné les preuves de 25 études où des échantillons de virus provenant de tests positifs ont été placés dans une boîte de Pétri pour voir s’ils se développeraient.

Cette méthode de « culture virale » peut indiquer si le test positif a détecté un virus actif qui peut se reproduire et se propager, ou simplement des fragments de virus morts qui ne se développeront pas en laboratoire ou chez une personne.

C’est un problème que nous connaissons depuis le début – et illustre une fois de plus pourquoi les données sur Covid sont loin d’être parfaites.

Mais quelle différence cela fait-il? Lorsque le virus est apparu pour la première fois, probablement très peu, mais plus la pandémie se prolonge, plus l’effet est grand.

La multitude d’informations sur les tests et le nombre R crée de la confusion.

Mais quelle que soit la manière dont nous l’avons réduit, le fait demeure que les niveaux d’infection au Royaume-Uni sont globalement très faibles, inférieurs à ceux de plusieurs autres pays européens.

Là où il y a des flambées locales, le système – dans l’ensemble – semble réussir à les contenir.

Et cela vient après l’ouverture de la société au cours de l’été.

Bien sûr, la grande question est de savoir ce qui se passera ensuite, avec le retour des écoles et l’hiver au coin de la rue.

La communauté de la santé publique a de plus en plus le sentiment que le Royaume-Uni est en position de force – et il convient certainement d’éviter un retour aux niveaux élevés d’infection observés au printemps.

Mais il y a aussi une extrême prudence et un désir compréhensible de complaisance pour ne pas s’infiltrer.

Comment Covid est-il diagnostiqué?

Le test PCR sur écouvillon – la méthode de diagnostic standard – utilise des produits chimiques pour amplifier le matériel génétique du virus afin qu’il puisse être étudié.

Votre échantillon de test doit passer par un certain nombre de «cycles» en laboratoire avant qu’une quantité suffisante de virus ne soit récupérée.

Le nombre exact peut indiquer la quantité de virus présente – que ce soit de minuscules fragments ou de nombreux virus entiers.

Cela semble à son tour être lié à la probabilité que le virus soit infectieux – les tests qui doivent passer par plus de cycles sont moins susceptibles de se reproduire lorsqu’ils sont cultivés en laboratoire.

Risque faux positif

Mais lorsque vous passez un test de coronavirus, vous obtenez une réponse «oui» ou «non». Il n’y a aucune indication de la quantité de virus contenue dans l’échantillon ou de la probabilité qu’il s’agisse d’une infection active.

Une personne excrétant une grande quantité de virus actif et une personne avec des fragments restants d’une infection qui a déjà été éliminée recevraient le même résultat de test – positif.

Mais le professeur Heneghan, l’universitaire qui a repéré une bizarrerie dans la façon dont les décès étaient enregistrés, qui a conduit Public Health England à réformer son système, affirme que des preuves suggèrent que le coronavirus « l’infectiosité semble diminuer après environ une semaine ».

Il a ajouté que s’il ne serait pas possible de vérifier chaque test pour voir s’il y avait un virus actif, la probabilité de résultats faussement positifs pourrait être réduite si les scientifiques pouvaient déterminer où le point de coupure devrait être.

Cela pourrait empêcher les gens d’obtenir un résultat positif basé sur une ancienne infection.

Et le professeur Heneghan a déclaré que cela empêcherait les personnes de mettre en quarantaine ou d’être recherchées inutilement, et permettrait de mieux comprendre l’ampleur actuelle de la pandémie.

Public Health England a convenu que les cultures virales étaient un moyen utile d’évaluer les résultats des tests de coronavirus et a déclaré qu’il avait récemment entrepris une analyse dans ce sens.

Il a déclaré qu’il travaillait avec des laboratoires pour réduire le risque de faux positifs, notamment en examinant où le «seuil de cycle», ou point de coupure, devrait être fixé.

Mais il a déclaré qu’il y avait de nombreux kits de test différents en cours d’utilisation, avec des seuils et des modes de lecture différents, ce qui rendait difficile la fourniture d’une gamme de points de coupure.

Mais le professeur Ben Neuman, de l’Université de Reading, a déclaré que la culture du virus à partir d’un échantillon de patient n’était « pas anodine ».

« Cette revue court le risque de corréler faussement la difficulté de cultiver le Sars-CoV-2 à partir d’un échantillon de patient, avec la probabilité qu’il se propage », a-t-il déclaré.

Le professeur Francesco Venturelli, un épidémiologiste de la région italienne d’Émilie-Romagne, qui a été durement touchée par le virus en mars, a déclaré qu’il n’y avait « pas assez de certitude » sur la durée pendant laquelle le virus reste infectieux pendant la période de récupération.

Certaines études basées sur des cultures virales ont rapporté qu’environ 10% des patients avaient encore un virus viable après huit jours, a-t-il déclaré.

En Italie, qui a connu son apogée plus tôt que le Royaume-Uni, «pendant plusieurs semaines, nous avons surestimé les cas» en raison de personnes qui ont contracté l’infection plusieurs semaines avant d’être identifiées comme positives.

Mais, à mesure que vous vous éloignez du pic, ce phénomène diminue.

Le professeur Peter Openshaw de l’Imperial College de Londres a déclaré que la PCR était une «méthode très sensible de détection du matériel génétique viral résiduel».

« Ce n’est pas une preuve d’infectivité », a-t-il déclaré. Mais le consensus clinique était que les patients étaient « très peu susceptibles d’être infectieux au-delà du 10ème jour de la maladie ».

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